Bei geplanten Projekten auf dem Meer (offshore) oder in Küstennähe (nearshore) besteht die Notwendigkeit zu prüfen, ob sie die Meeresumwelt gefährden. In diesem Zusammenhang sind Bestandserfassungen von Vögeln und Meeressäugern auf See eine wichtige Grundlage.
Im Rahmen von zahlreichen Offshore-Vorhaben, z.B. geplanten Windparks oder der Fehmarn-Belt-Querung, aber auch für das winterliche Monitoring von Meeresenten an der schleswig-holsteinischen Ostseeküste wurden seit 2002 im Auftrag der Biologisch-Landschaftsökologischen Arbeitsgemeinschaft (Biola) und des Instituts für Angewandte Ökosystemforschung (IfAÖ) auf über 100 Zählflügen rastende Vögel oder Meeressäuger (vor allem Schweinswale, Kegelrobben und Seehunde) erfasst.
Erfassungen vom Flugzeug aus erfolgen in der Regel mit einem zweimotorigen Hochdecker mit sogenannten Bubble-Windows, nach außen gewölbten Fenstern, die einen Blick auf das Wasser auch direkt unter dem Flugzeug ermöglichen. Die Kartierungen werden bei einer Fluggeschwindigkeit von 100 kn (ca. 180 km/h) durchgeführt. Bei Erfassungen von Rastvögeln liegt die Flughöhe bei 250 Fuß (76 m), für Meeressäuger bei 600 Fuß (183 m). Ferngläser werden nicht benutzt, da sie das Sichtfeld stark einschränken. Die Beobachtungen werden auf Diktiergeräte aufgenommen, da bei der hohen Fluggeschwindigkeit eine ununterbrochene Beobachtung notwendig ist.
Art-, Alters- und Geschlechtsbestimmungen sowie die Erfassung der Anzahlen sind wesentlich schwieriger durchzuführen als vom Schiff aus, da die Tiere nur kurz gesehen werden und nicht mit Ferngläsern gearbeitet werden kann. Dafür können größere Vogelschwärme (z.B. Enten) aus der Luft in ihrer Gesamtheit leichter überblickt und quantifiziert werden.